AdobeとMicrosoft。。。

FLASHをIEで表示した時に出る「このコントロールをアクティブにするにはクリックしてください」というメッセージをどうにかできない？
と上司に聞かれてちょっと調べたところ、これ2006年4月リリースのパッチで手動でアクティブするように要求されるようになったのですね。
理由は特許関係の理由であるとのこと。

今回の理由ではないですが、こういうのって本当に難しいですね。プライバシーというかユーザビリティとセキュリティとの問題の難しさってやつなのかと思います。
アクティブコントロールを自動にしてしまうといらんプログラムも裏で動いちゃったりしてセキュリティ上よろしくないわけですが、かといってブランディング的に閲覧者にとってスムーズな使用感は薄れてしまうので、どうしてもサイトが提供する世界にスムーズに入り込めない。

と、いうわけで解決編：
Adobeのサービスデータベースより。自動アクティブかさせるためのテンプレートが提供されています。
IE の更新プログラムを適用すると、Flash や Shockwave を余計に一度クリックしないとコンテンツを操作できない

参考：
ActiveX コントロールのアクティブ化

要するに、フラッシュを起動する